La nascita del Museo è legata alla formazione del nucleo originario della sua collezione, grazie agli scavi effettuati nel 1888 da Luigi Viola e intesi all’individuazione dell’antica colonia magnogreca di Sybaris. Le ricerche interessarono diverse località della Sibaritide: Torre del Mordillo (Spezzano Albanese), Cozzo Michelicchio, contrade Caccia di Favella e San Mauro (Corigliano Calabro).
I rinvenimenti si rivelarono subito di grande portata e suscitarono l’attenzione e la volontà della Direzione Generale delle Antichità e delle Belle Arti di istituire un museo nazionale con sede a Cosenza, non esistendo all’epoca in Calabria né una soprintendenza archeologica, istituita solo nel 1925 da Edoardo Galli, né una struttura museale.
Per tale ragione, tutto il materiale rinvenuto venne trasportato e conservato, temporaneamente, al Museo Nazionale delle Terme di Diocleziano a Roma, in attesa che la Provincia di Cosenza, che si era proposta di concorrere agli scavi di Sibari, insieme al Comune di Cosenza, provvedesse alla realizzazione di un edificio destinato alla conservazione delle raccolte.
Solo nel 1891 tutto il materiale venne spedito da Roma all’amministrazione comunale, che se ne era assunta la custodia, adibendo a tal fine dei locali nel Palazzo di Città. Dopo diverse peripezie burocratiche, l’amministrazione istituì, nell’ambito dell’Accademia Cosentina, una biblioteca con annesso museo, ospitati in alcuni locali dell’Ospizio delle Fanciulle e delle Vergini.
Il pittore cosentino E. Salfi, allora Ispettore agli Scavi e Monumenti della Provincia, procedette nel 1898 all’apertura delle casse pervenute da Roma. Si ha modo di credere che durante questa operazione, in mancanza degli elenchi originali dei reperti, si determinò una notevole confusione nell’attribuzione degli stessi alle diverse località, che è perdurata fino al nuovo allestimento del Museo (2009).
Tra il 1911 e il 1912 alcuni di questi reperti vennero riordinati, restaurati e montati su cartoni sotto la direzione di Paolo Orsi, allora Soprintendente ai Musei della Calabria, ma a causa delle cattive condizioni dei locali del Museo, che accrescevano il pericolo di deterioramento degli oggetti stessi, si rese necessario il loro trasferimento provvisorio dapprima nei locali del Municipio e poi, nel 1923, in quelli del Teatro Rendano, in attesa di un mai avvenuto spostamento nelle sale del Castello Svevo.
Il Museo rimase per alcuni anni al Teatro Comunale prima di essere trasferito (1939) nel palazzo che attualmente ospita l’Accademia Cosentina e la Biblioteca Civica, annesso al complesso conventuale di Santa Chiara, sua sede per 65 anni.
Dal rinvenimento dei materiali nella Sibaritide fino all’emanazione della Legge che affidava la tutela del patrimonio artistico ed archeologico alle varie soprintendenze (1939), la collezione del Museo Civico si arricchì a più riprese, sia per l’acquisto di materiale sporadico, sia in virtù di nuove scoperte.
Nel 1911 fu acquistato il primo nucleo del monetiere; nel 1916 furono inserite nella collezione le lucerne di età romana, provenienti da Cerchiara, e nel 1931 confluirono nella raccolta i reperti preistorici provenienti dal territorio di Cirella.
Nel 1932 nella località Mojo di Cosenza, in occasione della costruzione dell’Ospedale Civile, si rivenne una necropoli brettia di tombe a fossa, del tipo alla cappuccina. I corredi furono raccolti in una nuova sezione del Museo. In quegli anni, a dare nuova fisionomia ed impulso a questa istituzione fu l’allora direttore Giacinto D’Ippolito. Da allora il Museo subì diverse vicissitudini: sprovvisto di attrezzature tecniche idonee per la conservazione, fu trasformato in una sorta di magazzino. Le sue prolungate chiusure per interventi di restauro determinarono presto rilevanti perdite nella collezione. Solo nel 1970 l’Assessorato al Teatro ed alla Cultura del Comune di Cosenza programmò il restauro ed il nuovo allestimento del Museo a cura di Piero Giovanni Guzzo, presentato alla cittadinanza nel luglio del 1980.
Il Museo rimase negli ambienti del palazzo della Biblioteca Civica fino al 2003, anno in cui si rese opportuno chiuderlo per destinarlo finalmente al complesso monumentale di S. Agostino. Qui, all’inizio del 2008, la collezione archeologica, dopo essere stata ospitata presso il Nucleo di Tutela dei Carabinieri della Calabria (Palazzo Arnone), ha finalmente trovato la sua collocazione definitiva.
La nuova esposizione dei reperti è frutto di studi recenti e di una nuova interpretazione dei contesti archeologici, ispirata dalla scoperta di importanti documenti d’archivio, che hanno consentito di dirimere diversi dubbi sulle esatte provenienze e datazioni dei reperti.
In occasione del nuovo allestimento la collezione si è arricchita dei materiali provenienti dai più recenti scavi effettuati dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria nel centro storico di Cosenza.